Nach dem Tod seines Bruders, des Großherzogs Friedrich Franz III., übernahm Johann Albrecht im Jahre 1897 die Regierungsgeschäfte für seinen noch nicht volljährigen Neffen, Großherzog Friedrich Franz IV. von Mecklenburg-Schwerin, und führte diese bis zu dessen 19. Geburtstag am 9. April 1901.
Am 28. Mai 1907 wurde er zum Regenten im Herzogtum Braunschweig gewählt, dessen Thron seit 1884 vakant war; dieses Amt bekleidete er bis zur Einsetzung des regierenden Herzogs Ernst August von Braunschweig-Lüneburg im November 1913.
Seinem starken Interesse an der deutschen Kolonialpolitik folgend, trat er 1882 aus dem aktiven Militärdienst aus und engagierte sich in der Deutschen Kolonialgesellschaft. Er unternahm noch in jungen Jahren mehrere ausgedehnte Reisen nach Afrika und Asien.
Johann Albrecht vermittelte 1915 den Vertrag mit Bulgarien, in dem dieses sich zum Kriegseintritt an der Seite der Mittelmächte verpflichtete.
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